2011年11月8日，农业部全面启动和部署了“十二五”农业部重点实验室建设工作。根据产业需求、区域发展和学科布局设计了30个学科群，每个学科群又按照综合性重点实验室、专业或区域性重点实验室、农业科学观测实验站三个层次进行一体化布局。我院牵头负责19个学科群建设工作，共承担了19个综合性重点实验室、23个专业性（区域性）重点实验室及19个科学观测实验站的建设任务。
　　科技管理局作为我院农业部重点实验室建设主管单位的业务主管部门，认真贯彻落实会议精神，督促、指导我院各重点实验室建设依托单位抓好各项工作。一是全面部署，切实把各项工作机制落到实处；二是认真抓好学科群建设方案制定和落实工作；三是认真抓好学科群各项规章制度制定和落实工作；四是推进实验室管理机制和模式的创新；五是努力为重点实验室建设和发展创造良好氛围。到目前为止，我院先后已有10个牵头学科群召开了重点实验室启动建设工作会。
　　在各学科群建设工作启动会上，农业部科教司领导亲临指导传达农业部张桃林副部长在重点实验室建设工作启动会上的讲话精神，并就重点实验室成立的背景、意义、工作基础、运行机制和考核方法要求，以及下一步工作计划和发展提出了具体意见。与会代表分别讨论了学科群工作规则、实验室研究方向、实验站科学观测内容与规范，研讨学科群重点实验室的合作建设机制，安排部署下阶段学重点工作。启动会上，各学科群还为本学科群内的重点实验室、科学观测实验站进行了授牌，为重点实验室第一届学术委员会委员颁发了聘书等。刘旭副院长、王小虎局长等领导参加了部分学科群建设工作启动会。