2009年1月9日，在中共中央、国务院举行的国家科学技术奖励大会上，我院有4项科技成果荣获2008年度国家科学技术进步奖。作物科学研究所承担完成的“中国小麦品种品质评价体系建立与分子改良技术研究”获一等奖，也是本次奖励大会唯一的农业科技成果一等奖。“防治重大抗性害虫多分子靶标杀虫剂的研究开发与应用”、“双低油菜全程质量控制保优栽培技术及标准体系的建立与应用”和“重大外来入侵害虫—烟粉虱的研究与综合防治”获二等奖。
　　按照重大成果培育和报奖工作要求，我局从2007年底就开始筹划2008年度国家奖的申报工作，认真审核申报材料，对成果的技术路线和成果主体结构等方面进行严格把关指导，对入选参评成果的创新点和关键技术进行认真总结凝练，不断修改完善，充分展示成果的创新水平。在初评前，组织专家对申报成果进行答辩预演，全面提高了申报质量和水平，得到了评审专家的认可，为最终获奖奠定了坚实的基础。同时，按照“全程跟踪、从省部级奖抓起、推动奖项升级”的工作思路，在“中国小麦品种品质评价体系建立与分子改良技术研究”获得2006年北京市一等奖基础上，继续跟踪指导，与课题组专家深入研究，进一步修改完善申报材料，通过多方努力，终于实现了我院“十一五”国家级一等奖“零”的突破。