2008年10月7日，国家重点基础研究发展计划（“973”计划）10周年纪念大会在北京举行，国务委员刘延东同志出席会议。大会对为“973”计划实施做出重要贡献的专家和研究团队进行了表彰，农业领域40余个项目中有4个项目被授予“973”计划优秀团队，其中我院作物科学研究所贾继增研究员为首席科学家的“农作物资源核心种质构建、重要新基因发掘与有效利用研究”和植物保护研究所彭于发研究员为首席科学家的“农业重要转基因生物安全性研究”两个团队获此殊荣。
　　为解决我国经济建设、社会可持续发展、国家公共安全和科技发展中的重大基础科学问题，为国民经济和社会可持续发展提供科学基础，提升我国基础研究自主创新能力，1998年国家启动实施了“973”计划。10年来，我院累计主持“973”计划项目15项、主持课题70个，在农作物核心种质构建与重要功能基因发掘、主要农作物骨干亲本遗传构成与利用效应、作物优良性状遗传与分子改良、棉花纤维品质功能基因组、马铃薯基因组学研究、作物病虫害发生与控制、肥料减施增效与农田可持续利用、农业转基因生物安全、农林有害生物入侵机理与控制、重大畜禽疫病病原大分子结构与功能、动物重大传染病病原变异与致病的分子机制、农业微生物杀虫防病功能基因的发掘和分子机理、生物固氮机理、作物抗旱遗传分子机理等重要研究领域，形成了学科、专业、队伍和平台优势，建立了理论、方法和技术发展体系，取得了一批有特色的重要成果，部分结果在《NATURE》、《SCIENCE》、《THE PLANT CELL》、《PNAS》等学术刊物上发表，形成了在农业基础研究领域我院与中国科学院、高等院校“三足鼎立”的格局。